我们知道很多生信软件使用conda安装和构建环境是比较方便的,虽然偶尔conda也会出现一些问题,但那毕竟只是偶尔,如果能够省去手动安装的时间,还是很不错的。
下面对初次安装conda的流程进行一个记载。这里我选择的是miniconda。
操作环境:
Ubuntu20.04
Miniconda
镜像:清华镜像站
下载conda
下载时,在清华镜像站下载即可,选择最新日期的版本,我的机器平台式intel xeon,所以我下载的是x86_64的版本Miniconda3-py37_4.12.0-Linux-x86_64.sh,这里是下载地址,可以自行访问下载。
https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/
安装conda
下载完成后,传送到linux主机,直接使用bash命令安装
bash Miniconda3-py37_4.12.0-Linux-x86_64.sh
此时需要按几次enter键,同时会询问你安装位置,跟着步骤进行即可。在用户协议阅读那块可以直接按q跳过,或者按3次enter也是可以的。
安装完成后我们需要到root目录下,将.bashrc文件中Miniconda新添加的内容加载到环境中。
cd
source .bashrc
添加镜像库
Conda安装完城后默认的源只有defaults,为了加快下载访问速度我们可以添加国内的源站,这里我添加的是清华的镜像源站。添加了conda-forge、bioconda、numba、r、main几个库。
添加的命令如下
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/numba
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main
最后看一下结果
conda config --show channels
尝试安装软件新建环境
在上述操作结束后,我尝试安装了samtools
conda install samtools
同时尝试创建了fastqc的运行环境
conda create -n rnaseq -c bioconda fastqc -y
都没有问题后,大功告成。